科學(xué)家開發(fā)生物信息學(xué)新工具評估癌基因預(yù)測方法準(zhǔn)確性

在尋找癌癥治療方法的研究中，許多科學(xué)家使用基因組測序技術(shù)尋找促進(jìn)腫瘤細(xì)胞生長的基因突變。為了幫助進(jìn)行基因突變的篩選，一些研究人員開發(fā)了新的生物信息學(xué)方法。但是到目前為止仍然有一個重要問題存在：在眾多定位促癌基因突變的策略中，哪種方法能夠獲得zui的結(jié)果呢？

為了幫助解決這一謎題，美國約翰斯霍普金斯大學(xué)的科學(xué)家們自行設(shè)計(jì)了生物信息學(xué)軟件對目前一些發(fā)現(xiàn)促癌突變和區(qū)分癌細(xì)胞內(nèi)良惡性突變的策略進(jìn)行評估。

這篇題為“Evaluating the evaluation of cancer driver genes”的文章zui近發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊PNAS上。研究人員表示由于遺傳學(xué)研究方法在開發(fā)抗癌策略方面有潛在價值，因此對這些方法進(jìn)行評估有非常重要的意義。

該文章的其中一位作者Bert Vogelstein這樣說道：“發(fā)現(xiàn)促進(jìn)癌癥的基因突變通常都很有挑戰(zhàn)性，但是對于指引抗癌策略的開發(fā)是至關(guān)重要的。這篇文章建立了新的方法來評估目前用來發(fā)現(xiàn)促癌突變的一些技術(shù)，對于該領(lǐng)域在未來的進(jìn)一步發(fā)展可能有推動作用。”

文章作者Collin J. Tokheim表示，他們面臨的一個挑戰(zhàn)就是對于判斷一個基因是否是促癌基因還缺乏廣泛的共識。“科學(xué)家們會列出他們所認(rèn)為的促癌基因，但是既沒有*的參照指南，也沒有金標(biāo)準(zhǔn)。”

Tokheim和他的同事們開發(fā)出了一個基于計(jì)算機(jī)的方法預(yù)測促癌基因，也構(gòu)建了一個評估和對比其他預(yù)測方法的體系。他們在這項(xiàng)研究中利用該工具對八種促癌基因預(yù)測方法進(jìn)行了評估。

Tokheimzui后說道：“我們的結(jié)論就是這些方法還需要進(jìn)一步改進(jìn)。我們會公開分享我們的方法，或許會對其他科學(xué)家改進(jìn)他們的策略有所幫助。